裙带菜首张高密度遗传图谱

中科院海洋研究所联合百迈客构建了裙带菜首张高密度遗传图谱，相关研究成果近期发表在《BMCgenomics》上。

研究技术：

SLAF-seq简化基因组测序。

材料选取：

利用广泛养殖的裙带菜品种作为亲本，F1单倍配子体作为作图群体。雌配子体50个，雄配子体51个进行遗传图谱的构建，并利用与性别决定连锁的SSR标记和重组事件鉴定紧密连锁的SLAFmarkers

测序策略：

Hiseq,PE

测序数据：

28.06GB

研究背景

裙带菜是东亚国家一种重要的经济藻类，营养价值可以和螺旋藻媲美。然而其遗传和基因组信息缺乏限制了其更加深入的研究。高密度的遗传图谱是一项基础性的工作，可以为后续的功能基因挖掘，QTL定位奠定基础。本研究以子一代单倍体克隆培养系为作图群体，利用SLAF-seq技术构建了国际上第一张裙带菜遗传图谱，并对性别决定位点进行了定位。

研究结果

1.本研究获得了.31M的PEreads，共28.06GB。Q30达到89.79%，GC含量为51.45%。母本SLAF开发标签数为,个，父本为,个，深度分别为50.99X和54.39X，子代SLAF标签为,个。多态性标签为33,个，26,个成功编码。去除不适合F1群体作图标记以及过滤低质量多态性SLAF标签后，余下个标记用于图谱构建。

不同分型标记数目分布

2.成功上图标记有个，加入与性别决定连锁的SSR标记后，共获得30个连锁群，总图距.28cM，平均图距0.39cM；不同连锁群长度分布于20.12-.95cM区间。

遗传连锁群

3.在LG22上定位到一个性别决定的主效QTL位点，之间包含了68个SLAFmarkers。位于SSR附近与性别决定基因紧密连锁的4个SLAFmarkers作为候选的性别决定标记。这一区域位于连锁群的59.50cM区，是性别决定区域。

性别决定QTL位点

LG22上性别决定相关标记

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